分子筛选|皇冠hga025大学洛杉矶分校健康约翰逊综合癌症中心-皇冠hga025

主要的服务

分子筛选共享资源(MSSR)为皇冠hga025大学洛杉矶分校研究界提供高通量筛选. MSSR的特点包括:

高通量筛选(HTS)技术

所提供的服务包括使用高通量筛选(HTS)技术, 总共超过200个,000个化合物在不同的文库, 为CRISPR排列基因组宽集, 互补脱氧核糖核酸, 小鼠和/或人的shRNA和siRNA. 我们还利用人工智能和神经网络的深度学习方法进行数据分析和化学信息学. 请使用上面的链接来了解更多关于MSSR.

化学库

在MSSR可用的图书馆涵盖FDA批准的药物重新利用, 用于解剖生物学途径的化学基因组文库, 以及各种更大的药物发现库. 我们还提供临床试验药物库，如激酶抑制剂.

数据库

MSSR维护所有运行的分析及其结果的数据库. 通过交叉参考和与使用相关分析的研究人员合作, 可以获得更多的信息，从而更深入地了解健康和疾病的基本过程.

由多个皇冠hga025资助

MSSR目前由皇冠hga025大学洛杉矶分校健康约翰逊综合癌症中心资助, 分子和药物学系, 微生物学系, 免疫学和分子遗传学, 还有院长办公室, David Geffen医学院和皇冠hga025纳米系统研究所.

操作策略

MSSR与每个主要研究者密切合作. 除了基础设施和化学或生物库之外，MSSR还提供必要的专业知识来指导特定的高温超导项目取得成果. 我们采用了一种协作工作模式，在这种模式中，主要研究者实验室的一名成员通常与MSSR团队一起工作于给定的项目. 这确保了一个对每个项目背后的生物学有详细了解的人随时可用，以及高质量的结果和项目的附加值.

磋商

咨询是免费的，我们强烈建议您充分利用这项服务. 在最初的任命期间, 我们会讨论你的目标, 库, 一般筛选程序, 试验适应(如果需要)和控制(如果需要).

调度

仪器时间和库屏幕必须至少提前一周安排. 这样就有时间进行咨询，使分析适应高通量模式，并在必要时进行控制. 建议在预计放映日期(2周或以上)前安排咨询预约.

取消

取消活动应至少提前24小时办理. 化学库必须解冻才能进行筛选. 每次冻融循环都有可能破坏图书馆中的化学实体. 在图书馆解冻之前取消，可以避免给图书馆带来不必要的风险. 除了, 通过提前取消, 其他用户可以安排使用仪器和执行屏幕. 所以，请体谅一下.

图书馆管理和仪器操作

仅由MSSR人员和经过培训的用户使用.

确认/资助

如果你计划写一份拨款或写一篇论文，包括你计划在MSSR上进行的筛选, 请让我们知道. 我们需要把这些记录下来. 当我们申请资金支持MSSR时，需要这些记录. 充值并不能覆盖屏幕运行的全部成本. 请帮助我们尽可能降低用户的成本.

访问优先级

到目前为止，MSSR已经能够满足所有要求. 如果需要出现，MSSR顾问委员会将解决优先次序冲突.

专业知识

国土安全部局长， 罗伯特Damoiseaux他是一位具有丰富行业背景的HTS专家. 他的研究兴趣集中在新型高温超导技术的开发上, 他致力于通过实施这些技术，并为所有项目提供指导和监督，来支持癌症中心和皇冠hga025大学洛杉矶分校研究人员的HTS需求. 达摩瓦索获得博士学位.D. 他是洛桑大学的教授. 凯·约翰逊(现任马克斯·普朗克医学研究所所长), 慕尼黑)，然后加入了功能基因组学研究所，在那里他负责开发下一代蛋白酶检测平台. He authored >100 manuscripts 和 patents on HTS 和 synthesis, 并被公认为《皇冠hga025》的专家作者. Damoiseaux是癌症中心的成员, 皇冠hga025纳米系统研究所(CNSI)和克伦普分子成像研究所, 也是NIH研究皇冠hga025和审查HTS拨款的特别强调小组的成员. 他经常与癌症中心成员共同研究和共同资助, 这些拨款为MSSR提供了额外的稳定性，因为它们为项目和合作伙伴提供了资金.

目前，MSSR工作人员包括 康妮袁, 伯克利大学毕业的硕士研究助理, 在分析开发中提供动手的专业知识, 检查执行, 图书馆管理, 和 大卫·奥斯汀博士.D. (前身为范德比尔特大学), 谁在前列腺癌方面有丰富的经验，并为检测开发提供支持. David还负责开发高通量细胞系生成能力和基于crispr的筛选方法.

设备

热三角帆系统

Flex Station II: 96和384孔板阅读器(分子设备):GPCR和离子通道测定和一般荧光应用.
Victor 3V: 96或384和1536孔:UV-VIS吸光度, 发光, 荧光偏振, 荧光, 时间分辨荧光法.
Biomek FX:用于化合物转移和樱桃采摘的液体处理机. 它配备了一个定制的pin工具，可以在85秒内转移384个化合物.
轨道上的Thermo Spinnaker机械臂:将盘子从盘子旅馆或孵化器运送到液体处理机上, 板的读者, 等.
2个平板培养箱，容量220个平板.
Multidrop 384:(Thermo LabSystems):歧管液体分配. 该仪器可用于快速(约25秒)将一定量的液体准确地输送到96或384孔板和细胞镀层中.
elx405平板清洗机，Bio-Tek Instruments:洗井，抽吸，配药. 该仪器可用于进行需要从井中多步抽吸和分配到井中的分析.
Aquamax DW4:液体处理系统，集成了四流体分配和清洗96, 384, Amd 1536井清洗.

热三角帆系统2

一种基于线性轨道的系统，用于高含量筛选.

ImageXpress共聚焦(分子器件):高通量旋转圆盘显微镜，也可兼作宽视场显微镜，可用于需要光学切片的表型筛选, 亚细胞定位, 线粒体形态评价和其他苛刻的应用. 我们拥有超过200TB的集成存储容量和高速数据分析能力，以及自定义模块编辑器软件，以简化复杂的分析工作流程.
高速板阅读器，适用于96孔板或384孔板和1536孔板，具有以下模式:UV-VIS吸光度, 发光, 荧光偏振, 荧光, 时间分辨荧光测定以及α筛选.
细胞细胞6001:CO₂ 平板培养箱，容量超过180个平板.
elx406平板清洗机，Bio-Tek Instruments:洗井，抽吸，配药. 该仪器可用于进行需要从井中多步抽吸和分配到井中的分析. 它还配备了双注射器分配器以及用于试剂添加的蠕动泵.

其他可用的仪器

Biosorter (Union Biometrica): Biosorter®是一种能够分析的连续流系统, 分类和分配对象的大小从10到1,500 µm. 这是有用的分类斑马鱼，C.线虫, 瀑样, 基于荧光或后向散射/尺寸的球体和其他大型物体. 此外, MSSR为这台生物分选机配备了一个内部建造的气溶胶管理系统，使我们能够将活颗粒分类到96个甚至384个孔板中，我们可以在每个孔水平上定义物体的数量和物体的特征，从而可以根据定义的参数筛选大型生物物体.
Qbot: Colony picker 和 arrayer (Genetix). 该仪器具有72个板容量，用于高通量测序项目以及图书馆建设和维护. 它使用96和384孔板, 全托盘，并配备了一个摄像机，用于自动菌落识别和蓝白筛选.
Precision 2000 (BioTek): 12通道液体处理器(Bio-Tek)，可用于无菌工作台，处理96和384孔板.
各种384孔滴(Thermo LabSystems):该仪器可用于准确地将一定量的液体快速输送到96或384孔板和细胞电镀中.
Acumen Explorer (TTP Labtech):这种激光扫描细胞仪是目前可用的最快的高含量筛选系统. 它使细胞逐细胞读数产生类似流式细胞仪的数据结构，可用于表型筛选. 例如基于从细胞核到细胞质的易位事件的筛选, 细胞毒性筛选甚至基于细胞周期的筛选都是可能的.
ImageXpress (Molecular Devices):一种高通量的荧光显微镜，可用于需要最高质量图像的表型筛选，如神经突生长, 易位和某些细胞毒性筛选. 我们有一个相位对比选项，使斑马鱼的无标签表型筛选. 使用特殊的目标和分析模块, 即使是困难的表型，如哺乳动物细胞对细菌的摄取，也可以量化. 该系统集成了一个使用定制电装机械臂的培养箱.
螳螂(公式矩阵):低死体积, 非接触式液体分配器，可以多达六种试剂，允许分配复杂的板和测定开发实验低至100nL的体积.

库

小分子文库

我们的化合物文库分为4部分:药理验证和再利用文库(LOPAC), Prestwick和Microsource频谱, 430临床激酶抑制剂标注靶标), 高价值蛋白质类的目标库, 像库, 多样的图书馆和多样/智能图书馆. 我们所有的化合物纯度至少达到90%. 平均而言，我们可以将90%-95%的击中化合物作为粉末补充，以供后续使用. 除了多样化的图书馆(UCLA设置)，这是一个预镀的设置, 我们所有的设备都是定制的，不太可能在其他筛选设施中找到. 我们对诸如反应性组、聚合器等责任应用了广泛的过滤. 我们的药理学验证和重新利用库以及我们的自定义库的药物相似性和实用性已经很好地建立起来. 我们发现，在所有目标上从我们的库交付可处理的命中时，历史性的成功率约为90-95%.

FDA批准的药物库

精选1280种高纯度化合物(未申请专利)，用于:

结构的多样性
广谱涵盖多个治疗领域(从神经精神病学到心脏病学), 免疫学, 抗炎, 镇痛等)
已知的人体安全性和生物利用度

LOPAC集合

1集,用于细胞信号传导领域的280种药理活性药物样分子 & 神经科学. 它涵盖了以下目标类别，对于分析验证非常有用:

细胞凋亡
G蛋白质 & 环核苷酸
基因调控 & 表达式
离子通道
脂质信号
耐多药
神经传递
磷酸化

微源频谱采集

2000生物活性和结构多样的化合物从我们的已知药物库, 实验bioactives, 纯天然产品.

可用药复方套装

一组大约8000种靶向激酶、蛋白酶、离子通道和GPCR的化合物. 这些化合物的设计与我们的siRNA研究相匹配，这些siRNA研究是基于可药物的人类和小鼠基因组的siRNA集. 这组8k化合物与激酶进行了高通量对接,蛋白酶, 离子通道和GPCR，并根据它们与这些高价值目标结合的预测能力被纳入这一组. 这一套药品的仿真度非常好, 这组化合物遵循“5”法则，其中许多甚至遵循“4”法则.

类铅复合套装

这一套20000化合物已为我们量身定制的铅相似. 这组化合物在任何传统的“俄罗斯”系列中都找不到. 类铅库遵循更严格的规则4，而不是更宽松的规则5. 这个图书馆是从大约250个图书馆中挑选出来的,000个化合物，得到的化合物具有更有利的性质，用于后续的药物优化，因为这组化合物的平均分子更小, 有更少的h受体或供体位点和更好的logP. 它解决了一个典型的问题，即在化学优化过程中，化合物通常会变得更重，更不像药物，从而在后续阶段更有可能出现adme问题.

化学多样性文库(CombiChem和传统液相药物化学文库)

ChemBridge DiverSet, 3万个化学上不同的小分子. 一套定制的20个,000种化合物被选择为低细胞毒性和极好的化学空间覆盖. 这个多样化的库是来自Chembridge的DiverSet E -它是一个完善的30k复合集，包含许多有趣的结构，并在我们手中产生了许多有趣的hit. 这一组包含了从50多万化合物中挑选出来的巨大的结构多样性.

三套漂亮的20套,000, 40,000和50,000种化合物，每一种化合物都具有出色的覆盖范围，从850多种化合物中选出,000种化合物. 我们的各种智能库是从600k和250k化合物的大型化合物集中选择的. 在CNSI上使用带有GPU处理器(250个节点或更多)的大型计算机集群, 我们过滤了类似药物的化合物，并且没有任何其他负债, 小于8个可旋转键等. 然后将化合物分解成类似结构的簇. 这是一个具有挑战性的过程，在集群上花费了大约3周的计算时间. 然后，我们对这些簇进行了多样性采样，并将得到的化合物纳入我们的文库. 所得到的复合库具有优异的性能(至少规则5或更好)，并且它们是MSSR专有的.

皇冠hga025大学洛杉矶分校室内收藏

许多教授将他们的化合物捐赠给我们的内部收集，到目前为止，我们已经收集了大约5000种化合物. 这些文库非常多样化，范围从天然产物到利用多样性导向合成方法合成的化合物.

复合属性

智能图书馆空间的分子特性概述- 300k化合物可在MSSR. 值得一提的是, 化合物符合利平斯基五法则, 他们中的许多人都遵守4条规则，这是制药公司经常采用的更严格的规则集，以确保在点击引导活动中进行优化. 特别值得注意的是，我们的复合套富含SP3含量, 复合材料选择的设计特点是什么. 我们已经特别考虑到3d维度来策划我们的化合物库，以便在寻找可以结合到多种靶标的化合物方面有最好的变化. 此外, most of our compounds have a CNS MPO score >4, 这使得它们也适用于中枢神经系统药物发现项目并降低了成为药物外排泵底物的可能性这对新型癌症治疗非常重要. 通过历史数据分析, 我们已经看到我们的复合甲板在我们90%的项目中提供了可处理的化学物质.

排列的siRNA文库

人类和小鼠可药物基因组广泛收集可用于筛选. 这两个文库分别覆盖了大约7000个基因. 我们每个靶标有四个siRNA，它们以非池格式筛选. 激酶和GPCR作为亚库可用.

array shRNA Library

我们的阵列shRNA库包含60多个,000个克隆，目标是18个,000个基因，重点覆盖理想的靶类，如激酶, 蛋白酶, 磷酸酶, gpcr和离子通道. 除了传统的靶标类外，我们还提供各种定制文库，例如来自NCI的约150个靶标的经过验证的癌症特异性shRNA集，以及由桑格研究所选择的涵盖500个癌症相关基因的2000多个克隆的癌症特异性集. 其他子库涵盖转录因子, 泛素化和去泛素化途径, 细胞凋亡等. 这些库是专用于MSSR的，因为它们是在MSSR上定制选择和排列的. 定制shRNA文库的能力使MSSR能够根据特定主要研究者实验室的需要定制shRNA文库.

互补脱氧核糖核酸文库

人类和小鼠混合基因组广泛收集可用于筛选. 图书馆大约有16个,000个基因，是从MGC收集的全长互补脱氧核糖核酸克隆的可表达克隆的巩固版本. 这些克隆位于pSPORT6表达载体中，该载体使用CMV启动子驱动插入的表达. 我们也可以根据您的需要定制库.

我们也有13的,在c端带有V5标记的pLX304载体上构建了1000个强慢病毒互补脱氧核糖核酸文库，并对杀母素具有抗性.

酵母敲除收集

一组全基因组范围的酵母非必要敲除突变体可用于筛选两种交配类型(α和A)。. 菌株收集已浓缩成384孔板，以方便高通量筛选. 我们已经成功地将该文库用于合成基因阵列筛选.

e. 大肠杆菌敲除收集

大肠杆菌非必需基因敲除突变体的全基因组可用于筛选. 菌株收集已浓缩成384孔板，以促进高通量.

e. 大肠杆菌启动子收集

以GFP为报告基因的大肠杆菌启动子约2000个，可用于筛选. 菌株收集已浓缩成384孔板，以方便高通量筛选.

定价

有一个分层收费结构. Costs for 癌症中心 members are listed below; for non-members, please refer to our website at www.mssr.皇冠hga025大学洛杉矶分校.edu 有关详细信息,.

服务	JCCC率
试验发展	$582.55
小分子筛选(高达100K)	$507.33
小分子筛选(额外100K)	$712.79
shRNA筛选(人，每个亚库)	$560.06
siRNA筛选(人类全基因组)	$560.06
siRNA筛选(小鼠全基因组)	$560.06
全基因组互补脱氧核糖核酸筛选	$531.71
获得克隆(互补脱氧核糖核酸)	$11.15
全面技术支持(每小时)	$32.36
数据分析(每小时)	$29.30

分子筛选

概述

领导

联系信息

营业时间